El 19 de septiembre de 1994, el Titular del Ejecutivo Estatal hizo saber al Congreso, su decisión de que fuera éste el que generase la iniciativa relacionada con una auténtica reforma electoral estatal. Las fracciones partidistas que lo integraban, formaron de común acuerdo, una comisión plural para realizar una amplia consulta ciudadana, en relación a la reforma político-electoral, que tuvo por objeto hacer acopio de información y puntos de vista de los integrantes de partidos políticos, instituciones de educación superior, colegios, asociaciones de profesionales, cámaras y asociaciones de empresarios, de centrales obreras, asociaciones religiosas, así como representantes de los medios de comunicación, intelectuales, investigadores, estudiosos del Derecho y ciudadanos.
Como resultado de dicha consulta, se obtuvieron en 15 audiencias y 852 propuestas concretas sobre temas tan importantes como: el establecimiento de un verdadero sistema de partidos políticos, destacando la creación de partidos políticos estatales; un régimen de derechos, obligaciones y prerrogativas a los partidos políticos; la reglamentación del financiamiento público, la conformación del Congreso del Estado; la autonomía y ciudadanización de los órganos electorales; el proceso electoral; el Tribunal Estatal Electoral y los delitos electorales.
Así por decreto de 17 de febrero de 1995, publicado en esa misma fecha, se reformó la Constitución Política del Estado de Puebla, que estableció un sistema simplificado de medios de impugnación de los que conocería el Organismo Administrativo Electoral y un Tribunal Estatal Electoral. Dicho sistema de medios de impugnación otorgaba definitividad a las distintas etapas de los procesos electorales y garantizaba que los actos y resoluciones de los organismos electorales se sujetaran invariablemente al respeto y cumplimiento de las garantías de audiencia y legalidad.
En consecuencia, el poder legislativo, el día 20 de febrero de 1995, aprobó el Código Electoral del Estado de Puebla, publicado en el periódico oficial del Estado el 24 del mismo mes y año, en cuyo libro séptimo agrupó lo relacionado con lo contencioso electoral; en consecuencia se creó el primer Tribunal Estatal Electoral como máxima autoridad en materia jurisdiccional, representando un elemento más que garantizaba a los ciudadanos el cumplimiento de las normas electorales, a este Tribunal se le dotó de plena autonomía y facultades, se constituyó en el órgano que resolvería en última instancia respecto de las controversias sobre el proceso electoral, otorgándole a sus resoluciones efectos obligatorios y definitivos. Este libro también agrupó el conjunto de recursos que los ciudadanos y partidos políticos tenían derecho a interponer contra actos o resoluciones que consideraran violatorios de sus Derechos Electorales; la simplicidad de los mismos en su trámite y resolución, aumentó sin lugar a dudas las garantías de legalidad y certeza de los procesos electorales.
Para las elecciones de 1995 se constituyó el primer tribunal en la materia, éste fue transitorio y resolvió como asunto principal el caso de Huejotzingo, asunto que fue considerado como relevante al desarrollar el constituyente la gran reforma electoral de 1996, reforma en la que se incorporó el Tribunal Electoral Federal al Poder Judicial de la Federación, dotándolo de nuevas competencias y atribuciones, una de las principales fue la de conocer de controversias de constitucionalidad de los autoridades locales.
Se reformaron los artículos 41 y 116 de la Constitución Federal para que en las legislaciones Estatales se incorporaran los mismos principios establecidos para los procesos electorales federales.
Por decreto de 14 de febrero de 1997, nuevamente se reformó la Constitución, y se estableció que la legalidad, imparcialidad, objetividad, certeza e independencia serían principios rectores de la función electoral. Se estableció un sistema simplificado de medios de impugnación de los que conocía el organismo denominado Comisión Estatal Electoral y el Tribunal Estatal Electoral que también se constituyó de forma transitoria.
Dicho sistema de medios de impugnación dio definitividad a las distintas etapas de los procesos electorales, que debían ser resueltos en los plazos previstos en la Ley electoral y garantizaba que los actos y resoluciones de los organismos electorales, se sujeten invariablemente al respeto y cumplimiento de las garantías de audiencia y legalidad.